Для тех кому интересно. Примерно в этой директории /usr/local/php7/etc/php-fpm.d
Создал файл с таким содержимым
; Start a new pool named 'www'.
; the variable $pool can we used in any directive and will be replaced by the
; pool name ('www' here)
[поддомен.myDomain.ru]
user = www-data
group = www-data
listen = 127.0.0.1:ANOTHER_PORT
pm = dynamic
pm.max_children = 5
pm.start_servers = 2
pm.min_spare_servers = 1
pm.max_spare_servers = 3
chdir = /
php_admin_value[sendmail_path] = /usr/sbin/sendmail -t -i -f robo@$pool
php_admin_value[error_log] = /var/www/dir1/dir2/temp/errors.log
php_admin_value[mail.log] = /var/www/dir1/dir2/temp/mail.log
php_admin_value[open_basedir] = /var/www/dir1/:.
php_admin_value[upload_tmp_dir] = /var/www/dir1/dir2/temp
php_admin_value[session.save_path] = /var/www/dir1/dir2/temp/sessions
php_admin_value[session.gc_probability] = '1'
php_admin_value[session.gc_divisor] = '10'
php_admin_value[session.cookie_domain] = 'поддомен.myDomain.ru'
В общем таким образом можно настроить php "под конкретный" домен/поддомен. Там где указано ANOTHER_PORT нужно указать порт отличный от стандартного (9007) и в настройках nginx (/etc/nginx/conf.d) в напротив "fastcgi_pass" указываете как раз этот порт (за место звездочек) -127.0.0.1:***;