Ну, вообще git — штука умная, он сам понимает, какие файлы Вы меняли, а какие нет. Но если Вам по какой-то причине нужно только один файл закоммитить, то вот консольная команда:
git commit -m 'my comment' path/to/my/file.ext
Ну а Вообще
вот тут всё очень подробно написано :)