Конфиг main-local на вашем сервере и у вас на локалке должен отличаться. Там хранятся, например, параметры подключения к БД. Логично, что на сервере и на локалке они будут разными. И вот чтобы каждый раз перед деплоем не изменять вручную эти параметры, вы с самого начала залейте main-local на сервер и держите его там, а на локалке пользуйтесь своим. Значительно облегчает деплой, знаете ли ;)
P.S. система сама не определяет где она находится, максимум можно поставить окружение dev (YII_ENV_TEST) при первоначальной установке фреймворка