Судя по тому что цвет меняется при перезагрузке — очень похоже на мусор в видеобуфере.
Интернеты говорят о разном, но основной смысл в том что свободный драйвер не совсем корректно работает с 3D, во всяком случае с той его частью, которую использует Unity, а проприетарного драйвера нет.
Кстати
некоторые интернеты говорят о том что от эффекта можно избавиться путем отключения какого-то из параметров в xorg.conf, в частности местами говорят об отключении
vsync.
Либо можно попробовать перейти на Unity2D