Есть отдельные куски кода и скрипты для различного рода тестов. Например,
тут для тестирования производительности PHP, и
тут для бенчмаркинга MySQL.
Если погуглить, то можно найти аналогичные тесты для определения производительности файловой системы.
Из всех этих ресурсов можно довольно быстро руками собрать необходимый бенчмарк под Ваши цели.