Эти файлы "размазаны" по файловой структуре.
Тут лежат файлы, отвечающие за вывод списка способов доставки:
/app/code/core/Mage/Checkout/Block/Onepage/Shipping
Тут файлы базовых способов доставки:
/app/code/core/Mage/Shipping
Тут файлы, которые расширяют базовый список
/app/code/core/Mage/Usa
Вообще, способы доставки (сторонние) представляют из себя отдельные модули/расширения со всеми вытекающими.
Насчет записей в БД. Ищите следы в папке "sql" соответствующего расширения. Например, здесь:
- /app/code/core/Mage/Usa/sql/usa_setup
- /app/code/core/Mage/Shipping/sql/shipping_setup
