Преподавателей, дающих такие задания, нужно бить по рукам!
Делаешь два прохода по файлу, каждый раз переоткрывая его или переходя в начало файла. Затем считываешь пару значений (fscanf(fo, "%d %d", one, two);), но при первом проходе используешь только one и заносишь его в ячейку первого столбца, а во втором проходе используешь только two, записывая в ячейку второго столбца.
Буду благодарен, если приклеешь преподавателю бумажку с просьбой "Пни меня!".