Насчет
>Возможна ли авторизация на первом экране в iOS-приложении с помощью email и пароля? Без авторизации недоступен функционал приложения.
Да, конечно возможно. Но я надеюсь там будет кнопка Регистрации. Иначе будут проблемы с проверкой приложения.
Возможно ли с помощью In-App Purchase пополнить счет в веб-версии сервиса?
Вот со вторым — нет. Выдержка из документа App Store Review Guidelines. Нагуглите его и внимательно прочитайте. После этого все вопросы исчезнут.
Apps utilizing a system other than the In App Purchase API (IAP) to purchase content, functionality, or services in an app will be rejected
11.3
Apps using IAP to purchase physical goods or goods and services used outside of the application will be rejected
11.4
Apps that use IAP to purchase credits or other currencies must consume those credits within the application
Тут как минимум будет проблемы с приведенными выше пунктами