phonegap - торговая марка Adobe, она же инфраструктура для сборки и куча всего прочего.
cordova - непосредственно название фреймворка после того как Adobe отдала это добро в опенсурс, главная суть которого - взаимодействие нативного кода и webview ну и в целом это настроенное webview и внутренняя инфраструктура для плагинов и т.д. Плагины - это нативный код который предоставляет биндинг для JS и пробрасывает это дело в webview через API предоставляемое Cordova. Больше из коробки cordova ничего делать не умеет. Только webview. Есть еще cordova-cli - консольные тулзы для генерации/сборки/управления проектом.
Ionic - это UI фреймворк. То есть то что крутится внутри webview делается на основе оного.
Вывод - это совсем разные вещи. Можно использовать отдельно ionic, отдельно phonegap, вместе... как хотите...
