В SDK андроида есть класс, объект которого помогает при работе с базами данных.
developer.android.com/training/basics/data-storage...
У данного объекта есть метод onUpgrade(SQLiteDatabase db, int oldVersion, int newVersion), который
вызывается при обновлении приложения. В этом методе производят добавление таблиц, изменение структуры, очистка, удаление и тд