Проблема, очевидно, в данном куске:
"jquery": "bower_components/jquery/jquery",
"jquery": "bower_components/underscore-amd/underscore",
"jquery": "bower_components/backbone-amd/backbone"
В стрикт-режиме нельзя два раза использовать один и тот же ключ в литерале объекта. А вот откуда у вас там strict mode -- непонятно, видимо, r.js подсовывает.
P.S.
Больше не надо использовать backbone-amd и undersc..., поддержка AMD есть из коробки.
P.P.S. Не кладите содержимое bower_components в архив.