При установке программа сохраняет необходимые настройки, распаковывает нужные файлы, проверяет есть ли в системе необходимые компоненты.
Если вы просто перенесете файлы программы, то она их просто не увидит, т.к все пути к нужным файлам она будет смотреть в реестре ОС.
Возможно в новой системе не будет необходимых компонент для работы программы.
Не будут зарегистрированы в системе нужные библиотеки, и она не сможет ими воспользоваться.