так не делал, но можно попробовать добавить к каталогу таблицы цен для каждого города, а с сайта их запрашивать с определенным параметром (который будет каждый для своей цены).
немного знаком с 1С, с Битриксом дела вовсе не имел, но думаю что разделять цены нужно на уровне запроса.