Сжать A и A1 в 7z архивы. Записать их размер: S и S1. Затем сжать A и A1 вместе в один архив. Записать размер SS. Вычислить отношение D = 2 * (1 - ((S + S1) - SS) / (S + S1)).
Не знаю на сколько точно оно покажет процент повторяющегося кода, но должно быть весело.