>
но теперь у меня есть несколько одинаковый #item
Так не должно быть, id элемента должен быть уникальным и не повторяться у других элементов страницы.
Вам как раз нужно задать уникальные id всем элементам и обратиться к нужному по id, чтобы удалить класс именно у него. А чтобы навесить одинаковые стили, используйте класс item, например.
Пример:
<div id="item1" class="item action"></div>
<div id="item2" class="item action"></div>
<div id="item3" class="item action"></div>
И удаление класса у нужного элемента:
$("#item3").removeClass("action");