Дело не в ПДО.
Как быть, господа?
Учиться
правильно выявлять причинно-следственные связи, а потом уже задавать вопрос.
Скорее всего, второй скрипт попросту не может начать работу, и это связано с сессиями. Если скрипт работает ТАК долго, то сессию в нем надо завершить, как только она стала не нужна. Но если это онлайн скрипт, то надо делать так, чтобы он отрабаотывал мгновенно, и таких вопросов вообще не возникало.