Все решилось добором информации и пониманием того, что нужно правильно обрабатывать скрипты.
В самом расширении неправильно прописан путь к connector.php. Нужно заместо (это походу один из вариантов) подключения из assets, создавать отдельный action в контроллере и в нем через class подключать connector.
class ProgramController extends Controller
{
public function actions()
{
return array(
'connector'=>array(
'class'=>'application.extensions.elrtef.elfinder.connectors.php.connector',
),
);
}
...
Потом в файле elRTE.php там, где идет подключение к коннектору нужно прописать путь к экшену Yii::app()->createUrl('program/connector');
Очень помогла книга Макарова Сборник рецептов Yii 68 страница. Подключение внешних действий (читай внешних скриптов)
