Привет.
"Есть вп сайт, планируется написать еще несколько вп сайтов с разной структорой, дизайном, и частично разным функционалом. " То-есть, в каких-то аспектах функционал одинаковый? Насколько разный дизайн?
Слишком много вводных параметров, которые не понятны. Зайти можно с нескольких сторон:
1. Написать одну условно универсальную тему и на каждом проекте подкроить ее под его нужды.
2. Собирать темы из компонентов, которые ты опять-же в какой-то теме сначала создашь.
Был опыт, когда поднимали под сео десятки сайтов на одной теме, в них были заложены "разные" шапки, футеры, херо-секции и прочие элементы, то-есть, миксуя между собой получались не похожие друг на друга сайта. Ну и использовались переменные цветов, указал один цвет в админке, он и используется.