Искать приложение, которое использует открытую реализацию RDP — FreeRDP и прочее. Не MSTSLib, которая и реализует протокол RDP в винде. Все приложения, которые её используют будут вести себя точно так же, т.к. RDP окно создаётся этой либой (как разработчик такого приложения говорю). Не проверял как обрабатывает хоткеи MSTSLib, возможно оно как-то фильтрует ввод на системном уровне или на уровне драйверов — тогда, чисто теоретически на уровне ядра ОС можно отфильтровать. А для этого нужен драйвер в ядре ОС (Ring0). Вот тут для AHK он находится:
https://www.autohotkey.com/boards/viewtopic.php?t=9009 Сам драйвер не щупал и не знаю, есть ли там нужный функционал для получения ввода и его фильттрации, т.к. его писали в первую очередь для фильтрации.