Мне нравятся MySQL WorkBench (жаль она теперь не умеет генерировать код для других СУБД, я даже думаю попробовать написать плагин, решающий эту проблему, а пока использую для других СУБД типа PostgreSQL DBDesignerFork - форк того, чем была MySQL WorkBench до того, как была поглощена проектом MySQL и лишилась поддержки других СУБД) и Entity Framework designer (тоже умеет генерировать код для создания БД, хотя этого и не всегда просто добиться когда речь идёт о СУБД отличной от MS SQL Server). Ещё есть, например, довольно навороченный и универсальный Sybase PowerDesigner (без поллитра не разберёшься) и классический старикан ERWin (не умеет (или не умел) некоторые "сложные" связи, например внешний ключ таблицы на саму себя). Как вариант ещё можно упомянуть Altova DatabaseSpy.