Загружаешь пустую страницу (только скрипты - без контента), выполняешь скрипты, а после их завершения подгружаешь контент AJAX'ом - $.load, $.get и т.д.
Но это не имеет смысла. jQuery нужен для манипулирования объектами на странице. Пока страницы нет - на хрена jQuery?