Это так и работает. Массив передаётся по ссылке. Задача решена.
P.S. Проблемы тут могут возникнуть только при работе с многопоточностью в node, где в каждом потоке своя версия модуля, либо в случае если в дереве зависимостей окажется несколько разных версий. Но это отдельные случаи и задачи.