Дисклаймер: давно копался в этом ужасе, могу ошибаться.
есть 2 ситуации:
1) Вы только добавляете новое поле Вашего типа к какому-то объекту (допустим, USER). Вот когда Вы на форме добавления выбираете "Тип данных ..." и страница обновляется, только тогда срабатывает метод GetSettingsHTML()
2) Вы уже сохранили поле, оно получило ID. Тогда то, что было задано в дополнительных настройках, будет в массиве по ключу SETTINGS поля. Пример кода:
<?php
$arUserField = CUserTypeEntity::GetByID(316); // 316 - это ID поля в моём случае, его тип - "связь с HL блоком"
var_export($arUserField);
