Судя по ошибкам из лога, вы скопировали данные под своей учеткой, а жира запускается под другой учеткой jira, и у нее нет прав удалять или изменять файлы в скопированной вами директории, нужно сменить владельца всех файлов и папок в установочном и домашнем каталогах жиры на пользователя - jira.