Сделано было 2 бэкапа папок /opt/atlassian/jira , /var/atlassian/application-data/jira/.
Пробовал развернуть новую версию jira и подменить домашний каталог (/var/atlassian/application-data/jira/) с заменой данных в dbconfig.xml. Так же пробовал полным переносом двух папок на другой сервер и запуска jira вручную.
logs_jira