Связь осуществляется через сетевое соединение, а именно через
сокеты и кучу разных протоколов поверх типа HTTP/WS и прочего. На стороне сервера реализуете выбранный вами протокол в виде сервиса API, который слушает сокет, а в десктопном приложении подключаетесь к серверу и взаимодействуете с API вашего сервиса.