В вашем понимании подписка - это автоматическое списание средств со счета пользователя? Такое точно можно реализовать через Яндекс.Деньги (видел пару живых примеров), возможно через stripe (не смотрел лично, не могу ручаться).
Если автоматическое списание не нужно - то здесь уже стоит выбирать то, что удобнее пользователю. Я бы, скорее всего, подключил платежную систему типа робокассы или РБК-мани, чтобы дать пользователям возможность оплачивать удобным им способом. Но там и комиссия больше - можно интегрировать отдельно со stripe для карт, с Яндекс.Деньгами и Вебмани, а робокассу оставить для остальных способов.