Отвечу сам.
Сбросить любое приложение, можно с помощью двух папок:
~/Library/Preferences
~/Library/Application Support
Вы также можете удалить файл конфигурации приложений с помощью командной строки:
defaults delete com.foo.barApp
В моем случае, удалив .plist моего приложения, это ничего не исправило.
Однако, удалив всё содержимое папки Preferences с .plist (это конечно же привело к глобальному сбросу) это исправило ситуацию.