А в чем, собственно, вопрос?
Сделать баш-скрипт, который будет ходить по всем репозиториям и делать fetch для каждого.
Скрипт можно запускать по крону.
Автору вопроса нужно. чтобы ему написали этот скрипт? Или он не знает как пользоваться cron? Где автор вопроса искал ответ до того, как задал вопрос тут? Может быть он не так формулировал свой вопрос гуглу? Так с этого надо было начать, тут бы подсказали что он делает не так.