Сейчас вернулся к этому вопросу, почему то не устанавливалось печенье пока не додумался заменить false на null. Не понял с чем это связано. Видимо из за проверки ajax заголовка перед началом скрипта (есть сомнение по поводу этой версии).
setcookie ($name, $value, $expire, $path, null, null, true);