1. Заходите в меню, выбирайте последний пункт "Функции для технического специалиста" - откроется дерево функций.
2. В дереве функций переходите на самую последнюю ветку "Стандартные", открывайте ее и выбирайте пункт "Удаление помеченных объектов".
3. Откроется встроенная обработка чистки от помеченных с двумя вариантами работы: "Полное удаление" (начнется сразу, но может занять много времени) и "Выборочное удаление" (потребует время на составление списков из всех помеченных объектов, но зато потом можно выбрать лишь нужные и удаление пройдет очень быстро).
Почему обработка может не удалить помеченные на удаление объекты? Если на них есть ссылки в других объектах! Нужно или удалять все, вместе со связанными объектами, или в связанных объектах зачистить ссылки на удаляемые.