А вообще ваш вопрос немного интереснее, чем кажется на первый взгляд).
Спецификация ES описывает и значение null, и тип Null:
null & Null
4.4.15 null value
primitive value that represents the intentional absence of any object value
4.4.16 Null type
type whose sole value is the null value
То есть в логике спецификации вывод
console.log(Object.getPrototypeOf(Object.prototype));
// выводит null
Следует читать не как "прототип объекта
Object.prototype
- это/равен null", а "у объекта
Object.prototype
прототип отсутствует (намеренно не задан)".