Можно предположить, что AMD оправдано, когда в приложении очень большой объем кода, и лучше грузить его частями, а "склейка" в один файл больше подходит для небольших приложений.
Совершенно правильно. Если ваше приложение модульное, где работает только один модуль в одно время, но есть смысл только объеденять все файлы одного модуля. А если у вас приложение одно даже большое, просто разбито на части для удобства организации кода, тогда есть смысл объеденить.
Например приложение которое мы разрабатываем модульное. Модули могут писать 3d party. В конечном итоге, у человека может быть установлено 20мб минифицированого кода. Конечно можно было бы это все в одни файл, но проблема в том что конечный клиент который посещает сайт, можно вобще не зайти в другой модуль ни когда. Так зачем его грузить?
Вот от этого и надо оталкиваться. Что конечный пользователь будет делать, и на сколько есть большоая вероятность что он ни когда не воспользуется большой частью кода.