Следующие подводные камни вашего решения.
1) Броузер кеширует статику на своей стороне.
Поэтому изменения текста js скрипта пользователи могут узнать через год. Не шутка. Просто пользователь может получить файл через прокси с жестким кешированием. Читайте про хеадеры кеширования html
https://developer.mozilla.org/ru/docs/Web/HTTP/Caching
https://habr.com/ru/articles/204464/
2) Правильная публикация статики на github.io (Гит Пейджес)
https://docs.github.com/en/pages/getting-started-w...
Если кратко, то после пуша в репу должен отработать коректно хук
3) Ну и остается из php запускать shell команду, которая будут пушить новый сгенерированный скрипт.
>git push
Предварительно сделать на серверу репу в месте куда пых сможет писать
з.ы. имхо гимороя больше чем просто взять VPS рублей за 200-600 в месяц