fwuw28u, OS какая на сервере?
для ubuntu - пример из nextcloud установщика
chown -R www-data:www-data nextcloud
find nextcloud/ -type d -exec chmod 750 {} ;
find nextcloud/ -type f -exec chmod 640 {} ;
www-data это название юзера для веб сервера в убунте
nextcloud - папка
Посомтри в какой группе находится апач ps aux | grep apache
или groups www-data
перейди в на папку выше с твоим проэктом и сделай ls -l -h
у папки должна быть группа апача (обычно это www-data) если нет попробуй поставить их используя chown
sudo chown -R www-data:www-data /var/www/html
а и еще - положи для начала в папку файл index.html что бы убедится что у тебя сам сайт работает. когда этот файл будет открыватся уже пробуй переходить по адресу своего скрипта.
Такая ошибка может быть если у тебя нет индексного файла а ты заходишь на домен без указания имени скрипта.
Файл сайт не запускает, наоборот Apache должен сделать запрос к какому-то WSGI-серверу, который запустит этот файл для обработки http-запроса. Что у вас выступает wsgi-сервером?