Сталкиваюсь первый раз с таким поведением...
Пропадают пункты из выбора, т.е в таксономии внутри они остаются, но на выбор пропадают.
Создал таксономию (допустим игры), создал пункты (Дота, кс итд), добавил кастомное поле для выбора игры в пользователях.
Если сначала создать в таксономии пункты, то они не будут отображаться... удаляешь, заново создаешь и не трогаешь ACF группу, то все нормально, но если надо добавить к таксономии еще какое то поле, то на выбор остается только один какой то рандомный созданный пункт... Т.е они тупо перестают отображаться...
Есть предположение что может перегружена полями страница пользователя из за этого не может подгрузить все пункты... но звучит как бред...
Пытался выбрать в Allow Taxes все пункты созданные, но толку 0... видит только один...