Могу предположить, что проблема в расхождении времени модификации файлов.
Попробуйте отключить Preserve file timestamps
Или выбрать Compare by size (без проверки времени)
Shenku, Когда merge нажимаешь какие изменения есть на той стороне? При обновления изменения на той стороне таймстемп файла меняется (дата последнего редактирования)? Может на стороне хостинга не хватает каких-то прав для пользователя.
Посмотри что значит галка в настройках "Skip external changes".
Посмотри какие значения есть в выпадающем меню "Warn when uploading over newer file".
YepBro, "Когда merge нажимаешь какие изменения есть на той стороне?" ничего нет. А вот с сохранением да, у меня на локалке +2 часовой пояс, а сохраняет с 0, видимо поэтому и ругается, сейчас посмотрел другой проект, там файл пишется со временем как у меня на локалке