3-ю ветку поддерживает не только сам фласк, но и почти все крупные расширения для него.
Не поддерживает 3-й Flask-OpenID (хотя версия из ветки master работает норм вроде как) и ещё парочка (уже не помню какие).
В остальном можно смело использовать 3-ю ветку для новых проектов.