Добрый день. У сайта появился второй домен. Он как и первый идет на первый сервер. Человек, который круто шарил за nginx пока в отъезде, и пытаемся настроить. Вынесли каждую настройку в отдельный блок Server, но в таком кейсе nginx возвращает 404 так как видимо не видит root 
Когда делают два блока server дубликата то к обоим хостам применяет один и тот же серт. В гугле более менее только эта статья 
https://bobcares.com/blog/multiple-ssl-certificate...
# Force using of HTTPS protocol
geo $authentication {
    ranges;
    default        "Restricted Content";
    include        /etc/nginx/whitelist.conf;
}
server {
	listen 80 default_server;
	listen [::]:80 default_server;
	server_name %DOMAIN% %BY_DOMAIN%;
    set $redirect no;
    if ($request_uri !~ "^/zeon(.*)$") {
        set $redirect yes;
    }
    location / {
        if ($redirect = yes) {
          return 301 https://$host$request_uri;
          break;
        }
    }
}
server {
    server_name %BY_DOMAIN%;
    listen 443 ssl;
    listen [::]:443 ssl;
    ssl_certificate     /etc/letsencrypt/live/%BY_DOMAIN%/fullchain.pem;
    ssl_certificate_key /etc/letsencrypt/live/%BY_DOMAIN%/privkey.pem;
}
server {
    server_name %DOMAIN%;
    listen 443 ssl;
    listen [::]:443 ssl;
    ssl_certificate     /etc/letsencrypt/live/app/fullchain.pem;
    ssl_certificate_key /etc/letsencrypt/live/app/privkey.pem;
}
server {
    server_name %DOMAIN% %BY_DOMAIN%;
   
    set $web_root   /var/www/html/app/web;
    root $web_root;
    location ~ ^/(?!:hr-file)*\.(?:jpg|jpeg|png|gif|ico|css|js|map|svg)$ {
       expires 10d;
       add_header Vary Accept-Encoding;
    }
    sendfile off;
    location / {
        if (-f $web_root/maintenance.on) {
            return 503;
        }
        index index.php;
        try_files $uri $uri/ /index.php?$query_string;
        auth_basic $authentication;
        auth_basic_user_file /etc/nginx/.htpasswd;
    }
    location /status {
        access_log off;
        include fastcgi_params;
        fastcgi_param SCRIPT_NAME       /status;
        fastcgi_param SCRIPT_FILENAME   /status;
        fastcgi_pass php-fpm:9000;
        fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
        auth_basic $authentication;
        auth_basic_user_file /etc/nginx/.htpasswd;
    }
    location ~ [^/]\.php(/|$) {
        include fastcgi_params;
        fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $web_root/index.php;
        fastcgi_pass            php-fpm:9000;
        fastcgi_split_path_info ^(.+?\.php)(/.*)$;
        fastcgi_index           index.php;
        fastcgi_read_timeout    300s;
        auth_basic $authentication;
        auth_basic_user_file /etc/nginx/.htpasswd;
    }
    error_page 503 @maintenance_page;
    location @maintenance_page {
        rewrite ^(.*)$ /maintenance.html break;
    }
}