В моей версии MinGW это сделано так.
На уровне компилятора определяется макрос
__INT64_TYPE__
, который на данных настройках значит long long. Затем через жёсткую препроцессорную магию определяются и остальные типы и константы, связанные с int64.
# include_next <stdint.h> // то есть самого себя!
. . .
#ifdef __INT64_TYPE__
# ifndef __int8_t_defined /* glibc sys/types.h also defines int64_t*/
typedef __INT64_TYPE__ int64_t;
# endif /* __int8_t_defined */
typedef __UINT64_TYPE__ uint64_t;
# undef __int_least64_t
# define __int_least64_t int64_t
# undef __uint_least64_t
# define __uint_least64_t uint64_t
# undef __int_least32_t
# define __int_least32_t int64_t
# undef __uint_least32_t
# define __uint_least32_t uint64_t
# undef __int_least16_t
# define __int_least16_t int64_t
# undef __uint_least16_t
# define __uint_least16_t uint64_t
# undef __int_least8_t
# define __int_least8_t int64_t
# undef __uint_least8_t
# define __uint_least8_t uint64_t
#endif /* __INT64_TYPE__ */
Полагаю, это связано с тем, что компилятор и библиотека сильно кроссплатформенны и написаны в большом отрыве друг от друга. Решай мы более простую задачу — то есть связку «компилятор-библиотека» для конкретной ОС — можно было просто
typedef long long int64_t;