Имхо, Вам требует определиться что вы хотите? Или изучать линукс (а там и до сисадминства недалеко) или кодинг.
Работу с пакетами лучше производить через пакетный менеджер ибо зависимости и так далее (к слакваре это не относится).
А по поводу того, что изучать линукс, скажу, если вы знаете дебиан, так продолжайте в нем работу, особых отличий от других дистрибутивов не найдете, разве что системы инициализации немного разные. Ну либо начните изучение c FreeBSD, там в этом плане всё строго, хотя и своих подводных камней хватает