Если я не напутал с окном partition by va.order_id, apa.sale_type_id, то скорее всего можно переписать так:
select json_build_object('id', A.id, 'status', A.status)
from (select apa.id, apa.status, va.created_at,
row_number() over (partition by va.order_id, apa.sale_type_id order by apa.created_at desc) Rn
from vt.applications va
join orders o on va.order_id = o.id
join cc.additional_projects_actions apa on apa.order_id = va.order_id
and apa.sale_type_id = va.sale_type_id
where o.id = 64
and va.sale_type_id is not null
) A
where A.Rn = 1 -- отсекаем 1 запись - аналог order by apa.created_at desc limit 1 из первоначального запроса
order by A.created_at desc;