Первое что нужно сделать - смотреть слоулог, или хотя бы завести его, если еще нету. Можно поставить мониторинг и анализ запросов в какой-нибудь Percona или что-то типа, посмотреть что вообще происходит. Потом уже можно говорить что что-то лишнее или не хватает.