Зачем вы сравниваете эффективность таких вещей? Там же разница будет на уровне погрешности (по моему мнению).
Я на нашел сходу инфы о том, что нативный fetch основан на node:http, мне казалось это отдельный WebAPI, со своей спецификацией.
Просто выберите то, что удобнее и проще. Fetch прост, с минимум фич, в то время как Axios - полноценный фреймворк, который что только не умеет.
В крайнем случае - напишите бенчмарк, дело 5ти минут, но сомневаюсь, что там будет что-то интересное.