Есть два сайта, с схожей тематикой, но по факту два разных функционала несут.
Все контакты разные, айпишки разные, хостинги также разные. При проверке через сервисы ответ 50/50, кто-то говорит, что фильтр есть, а кто-то отрицает. При ручной проверке также не понятно, есть ли фильтр или нет, может есть какой-то способ проверить сайты на аффлилированость ?
кто-то говорит, что фильтр есть, а кто-то отрицает
Если только косвенным образом - проверить поисковую выдачи по одинаковым ключам, если один сильно отстает от другого, то вывод напрашивается сам собой.
1. Аффилированность иногда обозначается в виде метки в Яндекс Вебмастере - проверьте.
2. Если сайт под аффилиат фильтром, то у него почти не будет позиций в Яндексе. Если сайт нормально растет при соблюдении прочих условий (грамотная работа по seo, отсутствие других фильтров), то аффилиата нет.
Оба сайта должны быть совершенно непохожими друг на друга по дизайну.