MySQL глубоко параллельно, в какой БД лежит таблица (надеюсь, innodb_file_per_table включен?). Посему вынос таблицы в отдельную БД не окажет вообще никакого влияния на работу системы. Разве что незначительно изменится процент кэширования - но скорее всего это даже детектировать не выйдет.
Если это высоконагруженная таблица с большим потоком запросов на изменение, то имеет смысл для неё создать отдельный tablespace и вынести его на быстрый (SSD) раздел. Плюс согласен с
Everything_is_bad - партиционирование (в зависимости от вида основного шаблона запросов в потоке - по юзеру или по дате) может способствовать оптимизации работы с таблицей.