Это лишь эвристическая подсказка. Она может появиться, а может и нет. Просто не обращайте внимания на неё, если не хотите сливать ветки. В интерфейсе гитхаба много кнопок и вы не обязаны нажимать их все.
Чаще всего люди спрашивают об обратном — почему такая подсказка у них не вылезла, так как они не знают других способов создать Pull Request. Они привыкли, что гитхаб обычно додумывает за них.
Ещё вы можете нажать на кнопку, но запрос не создавать. Плашка больше не появится.