Да, смысл есть. Очень удобная штука для эникейщика/админа: можно на одной флешке иметь несколько десятков образов с кучей разных версий венды, линуксов и других лайв-утилит, а так же тележкой любимого софта. Но, всегда надо иметь с собой вторую флешку для случаев, когда мультизагрузчик не может запустить какой-то образ - такое иногда случается на разном железе из-за всяких шибко умных производителей.
Я закинул в качестве образов образы 10 и 11 винды, а они любят удалять файлы, так будет ли чистая винда, если увидит для себя "вирусы" удалять их?
Ни разу такого поведения от венды не встречал. Обычно, после копирования файлов на диск с дистрибутива вендой, флешка отключается и далее уже идет запуск и первичная настройка винды.