Для этого нужно поместить код главного окна в функцию, которую можно будет вызывать и дестроить:
import time
from tkinter import *
def main_window(): #функция созданий главного окна, здесь лежит весь код окна: кнопки, текст и т.д.
global window
window= Tk() #создание окна
window.title('Будильник') #заголовок окна
window.geometry('400x400') #размеры окна
lbl = Label(window, text='Вы долго смотрели в монитор,\n теперь посмотрите в окно.', font=('Arial Bold', 14))
lbl.grid(column=0, row=0)
# вызов функции clicked() при нажатии кнопки
btn1 = Button(window, text='НАЖМИ', command=clicked1)
btn2 = Button(window, text='НАЖМИ2', command=clicked2)
btn1.grid(column=0, row=1)
btn2.grid(column=1, row=1)
window.mainloop() # бесконечный цикл окна, окно ждёт нажатий
def clicked1(): #функция убивает главное окно, затем снова вызывает его и оно вновь появляется
time.sleep(10)
window.destroy()
main_window()
def clicked2():
quit()
if __name__ == '__main__': #первично вызываем главное окно при включении программы
main_window()