Мейнтейнер пакета в конкретном дисрибутиве может конфгирурировать его как захочет. В Debian совместимых дистрибутивах принято
/etc/nginx/sites-enabled
в RedHat подобных
/etc/nginx/conf.d
и т. д. Ни что не мешает тебе самому переименовать директории с конфигами и расположить их где угодно.
Рекомендую читать не гайды, а вот это
nginx: документация - здесь собрана вообще вся информация касающаяся Nginx.
PS
Nginx с некоторыми фишками от Nginx+ можно найти здесь
Angie